Os subprojetos do Projeto Cuenca Putumayo-Içá foram identificados na estratégia de aquisições e no PAD (Documento do Projeto) como uma modalidade a ser executada por diferentes organizações que implementarão ações dos componentes 1 e 2. Esses subprojetos têm valores que variam entre 0,1 milhão e 0,3 milhão de dólares.
O montante orçado para o financiamento de subprojetos é de 5,1 milhões de dólares. Os temas financiados por componente, conforme definido no PAD e no acordo de doação, são: