Os subprojetos do Projeto Bacia Putumayo-Içá foram identificados na estratégia de aquisições e no PAD (Documento do Projeto) como uma modalidade a ser executada por diferentes organizações que implementam ações dos componentes 1 e 2. Esses subprojetos têm um intervalo de valores entre 0,1 M e 0,3 M USD.
O montante orçado para o financiamento de subprojetos é de 5,1 milhões de dólares. Os temas financiados por componente, conforme definido no PAD e no acordo de doação, são: