Na bacia foram registrados:
Entre os répteis destacam-se a babilla (Caiman crocodilus) e o jacaré-açu (Melanosuchus niger), com uma das maiores populações da região amazônica, mas cujo status é vulnerável; e cinco espécies de tartarugas importantes para as comunidades indígenas locais: charapa (Podocnemis expansa), taricaya (Podocnemis unifilis), cupiso (Podocnemis sextuberculata), mata-mata (Chelus fimbriatus) e morrocoy (Chelonoidis denticulata).
Espécies de peixes de importância ecológica e econômica para as populações humanas locais são o pirarucú (Arapaima gigas), a arawana-prateada (Osteoglossum bicirrhosum) e o bagre migratório (Pseudoplatystoma punctifer), entre outras.