Los subproyectos del Proyecto Cuenca Putumayo-Içá fueron identificados en la estrategia de adquisiciones y en el PAD40 como una modalidad para ser ejecutada por diferentes organizaciones que implementarán acciones de los componentes 1 y 2. Estos subproyectos tienen un rango de montos entre 0.1 M y 0.3 M USD. Si durante la ejecución del proyecto se evidencia la necesidad de actualizar estos rangos, el MOP tomará como referencia los nuevos valores establecidos, una vez aprobados por el Banco Mundial.
El monto presupuestado para la financiación de subproyectos es de 5,1 M USD. Los temas financiados por componente, según lo definido en el PAD y el acuerdo de donación, son: