Los subproyectos del Proyecto Cuenca Putumayo-Içá fueron identificados en la estrategia de adquisiciones y en el PAD (Documento del Proyecto) como una modalidad para ser ejecutada por diferentes organizaciones que implementarán acciones de los componentes 1 y 2. Estos subproyectos tienen un rango de montos entre 0.1 M y 0.3 M USD.
El monto presupuestado para la financiación de subproyectos es de 5,1 M USD. Los temas financiados por componente, según lo definido en el PAD y el acuerdo de donación, son: