Los subproyectos del Proyecto Cuenca Putumayo-Içá fueron identificados en la estrategia de adquisiciones y en el PAD (Documento del Proyecto) como una modalidad para ser ejecutada por diferentes organizaciones que implementan acciones de los componentes 1 y 2. Estos subproyectos tienen un rango de montos entre 0.1 M y 0.3 M USD.
O montante orçado para o financiamento de subprojetos é de 5,1 milhões de dólares. Os temas financiados por componente, conforme definido no PAD e no acordo de doação, são: