En la cuenca se han registrado:
Entre los reptiles se destacan la babilla (Caiman crocodilus) y el caimán negro (Melanosuchus niger), con una de las poblaciones más grandes de la región amazónica, pero cuyo estado es vulnerable; y cinco especies de tortugas que son importantes para las comunidades indígenas locales: charapa (Podocnemis expansa), taricaya (Podocnemis unifilis), cupiso (Podocnemis sextuberculata), mata-mata (Chelus fimbriatus) y morrocoy (Chelonoidis denticulata).
Las especies de peces de importancia ecológica y de importancia económica para las poblaciones humanas locales son el pirarucú (Arapaima gigas), la arawana plateada (Osteoglossum bicirrhosum) y el bagre migratorio (Pseudoplatystoma punctifer), entre otras.