La gobernanza del proyecto se articula a través de un Comité Directivo, integrado por representantes de los gobiernos de los cuatro países y de WCS, como instancia de dirección, donde se toman las decisiones estratégicas para orientar y dar seguimiento a la implementación del Proyecto.

Como instancia de apoyo funciona un Comité Técnico, conformado por los puntos focales técnicos de las instituciones gubernamentales y organizaciones de los cuatro países. Es el encargado de analizar la información técnica, revisar avances y formular recomendaciones que respalden la toma de decisiones del Comité Directivo.

El proyecto también cuenta con diversos grupos de trabajo temáticos, que reúnen periódicamente a especialistas y representantes de las instituciones participantes para promover el diálogo permanente, el intercambio de conocimientos y la coordinación de acciones en torno a los diferentes componentes.

Además, dos veces al año se realiza una reunión de seguimiento con el Banco Mundial que convoca a los socios de gobierno, organizaciones ejecutoras y actores clave para revisar los avances alcanzados, analizar los principales desafíos, compartir lecciones aprendidas y definir los próximos pasos para el cumplimiento de los objetivos del proyecto.